報關(guān)工作的全部程序分為申報、查驗、放行三個階段。
（一）進(jìn)出口貨物的申報 進(jìn)出口貨物的收、發(fā)貨人或者他們的代理人，在貨物進(jìn)出口時，應(yīng)在海關(guān)規(guī)定的期限內(nèi)，按海關(guān)規(guī)定的格式填寫進(jìn)出口貨物報關(guān)單，隨附有關(guān)的貨運(yùn)、商業(yè)單據(jù)，同時提供批準(zhǔn)貨物進(jìn)出口的證件，向海關(guān)申報。報關(guān)的主要單證有以下幾種： 進(jìn)貨物報關(guān)單。一般填寫一式二份（北京海關(guān)要求報關(guān)單份數(shù)為三份）。報關(guān)單填報項目要準(zhǔn)確、齊全、字跡清楚，不能用鉛筆；報關(guān)單內(nèi)各欄目，凡海關(guān)規(guī)定有統(tǒng)計代號的，以及稅則號列及稅率一項，由報關(guān)員用紅筆填寫；每份報關(guān)單限填報四項貨物；如發(fā)現(xiàn)情況有無或其他情況需變更填報內(nèi)容的，應(yīng)主動、及時向海關(guān)遞交更改單。 出口貨物報關(guān)單。一般填寫一式兩份（北京海關(guān)要求三份）。填單要求與進(jìn)口貨物報關(guān)單基本相同。如因填報有誤或需變更填報內(nèi)容而未主動、及時更改的，出口報關(guān)后發(fā)生退關(guān)情況，報關(guān)單位應(yīng)在三天內(nèi)向海關(guān)辦理更正手續(xù)。 隨報關(guān)單交驗的貨運(yùn)、商業(yè)單據(jù)。任何進(jìn)出口貨物通過海關(guān)，都必須在向海關(guān)遞交以填好的報關(guān)單的同時，交驗有關(guān)的貨運(yùn)和商業(yè)單據(jù)，接受海關(guān)審核諸種單證是否一致，并由海關(guān)審核后加蓋印章，作為提取或發(fā)運(yùn)貨物的憑證。隨報關(guān)單同時交驗的貨運(yùn)和商業(yè)單據(jù)有：海運(yùn)進(jìn)口提貨單；海運(yùn)出口裝貨單（需報關(guān)單位蓋章）；陸、空運(yùn)運(yùn)單；貨物的發(fā)票(其份數(shù)比報關(guān)單少一份，需報關(guān)單位蓋章等）；貨物的裝箱單（其份數(shù)與發(fā)票相等，需報關(guān)單位蓋章）等。需要說明的是如海關(guān)認(rèn)為必要，報關(guān)單位還應(yīng)交驗貿(mào)易合同、定貨卡片、產(chǎn)地證明等。另外，按規(guī)定享受減、免稅或免驗的貨物，應(yīng)在向海關(guān)申請并已辦妥手續(xù)后，隨報關(guān)單交驗有關(guān)證明文件。 進(jìn)（出）口貨物許可證。進(jìn)出口貨物許可證制度，是對進(jìn)出口貿(mào)易進(jìn)行管理的一種行政保護(hù)手段。我國與世界上大多數(shù)國家一樣，也采用這一制度對進(jìn)出口貨物、物品實行全面管理。必須向海關(guān)交驗進(jìn)出口貨物許可證的商品并不固定，而是由國家主管部門隨時調(diào)整公布。凡按國家規(guī)定應(yīng)申領(lǐng)進(jìn)出口貨物許可證的商品，報關(guān)時都必須交驗由對外貿(mào)易管理部門簽發(fā)的進(jìn)出口貨物許可證，并經(jīng)海關(guān)查驗合格無誤后始能放行。但對外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易合作部所屬的進(jìn)出口公司、經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)經(jīng)營進(jìn)出口業(yè)務(wù)的個部位所屬的工貿(mào)公司、個省（直轄市、自治區(qū)）所屬的進(jìn)出口公司，在批準(zhǔn)的經(jīng)營范圍內(nèi)進(jìn)出口商品，視為以取得許可，免領(lǐng)進(jìn)出口貨物許可證，只憑報關(guān)單即可向海關(guān)申報；只有在經(jīng)營進(jìn)出口經(jīng)營范圍以外的商品時才需要交驗許可證。 商檢證書。海關(guān)指示報關(guān)單位出具商檢證書，一方面是監(jiān)督法定檢驗商品是否已經(jīng)接受法定的商檢機(jī)構(gòu)檢驗；另一方面是取得進(jìn)出口商品征稅、免稅、減稅的依據(jù)。根據(jù)《中華人民共和國進(jìn)出口商品檢驗法》以及《商檢機(jī)構(gòu)實施檢驗的進(jìn)出口商品種類表》規(guī)定，凡列入《種類表》的法定檢驗的進(jìn)出口商品，均應(yīng)在報關(guān)前向商品檢驗機(jī)構(gòu)報驗。報關(guān)時，對進(jìn)口商品，海關(guān)憑商檢機(jī)構(gòu)簽發(fā)的檢驗證書或在進(jìn)口
貨物報關(guān)單上加蓋的印章驗收。 除上述單證外，對國家規(guī)定的其他進(jìn)出口管制貨物，報關(guān)單位也必須向海關(guān)提交由國家主管部門簽發(fā)的特定的進(jìn)出口貨物批準(zhǔn)單證，由海關(guān)查驗合格無誤后再予以放行。諸如食品衛(wèi)生檢驗，藥品檢驗，動植物檢疫，文物出口簽定，金銀及其制品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進(jìn)出口射擊運(yùn)動、狩獵用槍支彈藥和民用爆破物品的管理，進(jìn)出口音像制品的管理等均屬此列。
（二）進(jìn)出口貨物的查驗 進(jìn)出口貨物，除海關(guān)總署特準(zhǔn)查驗的以外，都應(yīng)接受海關(guān)查驗。查驗的目的是核對報關(guān)單證所報內(nèi)容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進(jìn)出口是否合法。 海關(guān)查驗貨物，應(yīng)在海關(guān)規(guī)定的時間和場所進(jìn)行。如有特殊理由，事先報經(jīng)海關(guān)同意，海關(guān)可以派人員在規(guī)定的時間和場所以外查詢。申請人應(yīng)提供往返交通工具和住宿并支付費(fèi)用。
海關(guān)查驗貨物時，要求貨物的收、發(fā)貨人或其代理人必須到場，并按海關(guān)的要求負(fù)責(zé)辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。海關(guān)認(rèn)為必要時，可以徑行開驗、復(fù)驗或者提取貨樣、貨物保管人應(yīng)當(dāng)?shù)綀鲎鳛橐娮C人。 查驗貨物時，由于海關(guān)關(guān)員責(zé)任造成被查貨物損壞的，海關(guān)應(yīng)按規(guī)定賠償當(dāng)事人的直接經(jīng)濟(jì)損失。賠償辦法：由海關(guān)關(guān)員如實填寫《中華人民共和國海關(guān)查驗貨物，物品損壞報告書》一式兩份，查驗關(guān)員和當(dāng)事人雙方簽字，各流一份。雙方共同商定貨物的受損程度或修理費(fèi)用（必要時，可憑公證機(jī)構(gòu)出具的鑒定證明確定），以海關(guān)審定的完稅價格為基數(shù)，確定賠償金額。賠償金額確定后，由海關(guān)填發(fā)《中華人民共和國海關(guān)損壞貨物、物品賠償通知單》，當(dāng)事人自收到《通知單》之日起，三個月內(nèi)憑單向海關(guān)領(lǐng)取賠款或?qū)y行帳號通知海關(guān)劃撥，逾期海關(guān)不再賠償。賠款一律用人民幣支付。
（三）進(jìn)出口貨物的放行 海關(guān)對進(jìn)出口貨物的報關(guān)，經(jīng)過審核報關(guān)單據(jù)、查驗實際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費(fèi)手續(xù)或減免稅手續(xù)后，在有關(guān)單據(jù)上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運(yùn)貨物。此時，海關(guān)對進(jìn)出口貨物的監(jiān)管才算結(jié)束。 另外，進(jìn)出口貨物因各種原因需海關(guān)特殊處理的，可向海關(guān)申請擔(dān)保放行。海關(guān)對擔(dān)保的范圍和方式均有明確的規(guī)定。